Wie viele andere Bauwerke war auch die Johanniskirche im Laufe der Zeit Um- und Ausbaumaßnahmen unterworfen, die den Geschmack der jeweiligen Epoche widerspiegeln. So ergänzte man im 15. Jahrhundert den dreischiffigen Basilika-Bau mit einem spätgotischen Chor. Im Barock hatte man reich ausgeschmückte Emporen hinzugefügt und auch das gesamte Gestühl im Stil der Zeit verziert. Diese Elemente entfernte man jedoch um 1860 bei umfangreichen Restaurierungsarbeiten. Damals entstand auch die Umgestaltung am ursprünglich hölzernen Vorbau des Südportals, das zwar immer noch besteht, jetzt aber mit Naturstein umfasst ist. 

Das Highlight im Inneren der Johanniskirche ist ohne Zweifel der vierflügelige geschnitzte Altar. Er entstand 1415 und stammt wohl von niedersächsischen Meistern, wenn auch böhmische Einflüsse sichtbar sind. Eine Besonderheit sind die beiden Seiten, die an Werk- und an Festtagen sichtbar sind. 

Äußerst sehens- und auch hörenswert ist die Orgel des bedeutenden Friedrich Ladegast aus dem 19. Jahrhundert. Der Prospekt, also die zur Kirche hingewandte Seite, besteht aus sieben Feldern mit schönen Schnitzereien. Der Orgelbauer wurde berühmt vor allem wegen seiner romantisch gestimmten Instrumente. Mittlerweile hat man einige technische Neuerungen installiert, die dem wunderschönen Klang aber keineswegs schaden. Die Johanniskirche ist Schauplatz vieler Konzerte, von denen die Orgel zur Nacht zu den bedeutendsten zählt. Sie findet jedes Jahr im Sommer statt.